Kiedy po drugim rozbiorze Polski w 1793r. Kutno znalazło się w granicach Prus Południowych, wokół Kutna mieszkali już ewangeliccy rolnicy i rzemieślnicy. W samym mieście Kutnie statystyki odnotowały zamieszkiwanie 63 osób wyznania ewangelicko-augsburskiego. Było to możliwe po przyjęciu przez Sejm w roku 1768 uchwały o przywróceniu dysydentom praw publicznych i swobody organizowania życia religijnego. W nowo zawieranych umowach dzierżawnych właściciele lub administratorzy gruntów z reguły zapewniali ewangelickim osadnikom darmowe drewno na budowę szkoły-domu modlitwy, a także wolny od podatków grunt na założenie cmentarza i gospodarstwa rolnego dla nauczyciela -kantora. Dużą część osadników stanowili luteranie z Badenii, Hesji i Wirtembergii, resztę luteranie i nieliczni menonici z Pomorza Gdańskiego, Kujaw i Wielkopolski. W roku 1797 w Kutnie został powołany do życia Filiał, a więc Parafia Ewangelicko-Augsburska z kaplicą (najpierw drewnianą) i plebanią - w której jedno pomieszczenie służyło jako sala szkolna.

Jednak jako filiał nie posiadał prawa samodzielnego wyboru proboszcza. Parafianie kutnowscy byli zatrudnieni w fabrykach cukru w Konstancji, Żychlinie, Ostrowach i innych miejscowościach jako dyrektorzy, urzędnicy i robotnicy, po części byli także właścicielami dóbr ziemskich. Swoimi ofiarami zabezpieczali istnienie Filiału, ale nie byli w stanie utrzymać duchownego, który mieszkałby na terenie Parafii. Pod koniec XIX wieku myślano o usamodzielnieniu się Parafii. W 1879 rozpoczęto na miejscu drewnianego kościoła budować kościół murowany, który 10 listopada 1880 roku poświęcił Generalny Superintendent ks. Biskup Woldemar Everth. Koszt budowy wyniósł 19 077,- rubli srebrem. Życie religijne Filiału rozwijało się pomyślnie, czego przykładem może być regularne odprawianie nabożeństw przez dziesięciolecia w fabryce cukru w Ostrowach. Około roku 1867 powstały na terenie Filiału cztery szkoły: w Kutnie, Woltersdorfie, Strzelcach Holenderskich i Marcinowie. W Kutnie do szkoły chodziło 45 dzieci w pierwszych latach i była to najwyższa liczba uczniów. Zmiany właścicieli fabryk cukru i majątków wpłynęły na osłabienie liczebne i finansowe Filiału. Administracją Filiału zajmowali proboszczowie z Łowicza, poza latami 1841 - 1857 kiedy Filiał obsługiwali proboszczowie z Gostynina. Jako nauczyciel i kantor działał w Kutnie wybrany w okręgu wyborczym Włocławek-Lipno-Nieszawa poseł na Sejm Jakub Karau, który zmarł w Kutnie 3 sierpnia 1938r. W 1923 roku Filiał liczył 800 dusz. Nabożeństwa odprawiano w języku niemieckim i polskim. W 1929 miały miejsce : chrzty 10, śluby 8, pogrzeby 15, konfirmanci 9, do Komunii Św. przystąpiło 250 osób, 240 osób opłaciło składkę parafialną. Parafia posiadała kościół, plebanię, siedem cmentarzy. W okresie drugiej wojny światowej do Kutna i okolicznych miejscowości skierowano ludność wysiedloną z Wołynia i Besarabii/Mołdawii w wyniku układów Niemiecko-Sowieckich. Nastąpił liczbowy wzrost parafian. Niestety wydarzenia 1945 roku, przejście frontu i odwet w wyniku którego pozbawiono życia w Kutnie, czy w okolicach miasta wielu rodziców, spowodował istotne zmiany demograficzne. Zdjęcia powojennych uroczystości konfirmacyjnych dają wyobrażenie ilości sierot, które gromadziły się w kościele. Wiele z tych osób opuściło Kutno i wyjechały w kolejnych latach . Na początku 2006 roku członkami Parafii w Kutnie były jeszcze trzy osoby urodzone na Wołyniu./M.U./ Po drugiej wojnie światowej życie parafialne Filiału w Kutnie zorganizował ks. Karol Messerschmidt-Buczyński kapelan Wojska Polskiego i proboszcz Warszawskiej Parafii E-A przy ul. Puławskiej 2/4. Następnie dojeżdżał do Kutna ks. Emil Dawid z Włocławka, później ks. Eugeniusz Sauter z Piastowa. Od 1967r. proboszczem administratorem Parafii został ks. Mariusz Werner dojeżdżający z Zgierza i Łodzi do 1987r. Kolejnym proboszczem administratorem Parafii został mianowany ks.Marcin Undas. W tym okresie doszło w Polsce do przemian demokratycznych. W Kutnie pojawili się inwestorzy zagraniczni. Jednym z pierwszych był Herman Nijhof ewangelik z Holandii, który rozpoczął swoją działalność w 1990roku. Jego zaangażowanie zaowocowało pomocą naszej Parafii w remoncie kościoła, a następnie w powołaniu do służby pracownika parafialnego, w osobie ordynowanego 23.12.2000r. na diakona Marcina Pilcha, który mieszkał i służył w Kutnie oraz Łowiczu. Dzięki jego aktywności parafia w Kutnie tętniła życiem. Organizował przede wszystkim spotkania dla dzieci: „Zapraszam do nas na koncerty i spotkania dla dzieci - mówi Marcin Pilch, diakon parafii ewangelicko-augsburskiej w Kutnie. Opiekujący się budynkiem kościoła diakon uważa, że jest to miejsce wyjątkowe i zaprasza tu wielu gości. - Gdy przybyłem tutaj w 1996 roku, zobaczyłem grupy biegających po ulicach dzieci, które nie miały czym się zająć - opowiada Marcin Pilch. - Zaczęliśmy ich zapraszać na spotkania wakacyjne przy okazji dni kultury chrześcijańskiej "Filip". W ostatnich latach gromadziło się ich 30-40. Na początku zbieraliśmy się w małej salce, ale w końcu weszliśmy do kościoła. Tam ustawiamy krzesła, śpiewamy i bawimy się grami, prowadzimy konkursy. Historie biblijne opowiadamy takie, które łączą wyznania katolickie i protestanckie. Urząd Miasta Kutno wsparł nas finansowo, byśmy mogli zapewnić dzieciom dwa posiłki. ‘’(portal warszawa.naszemiasto.pl 2007r). W roku 2006 administrację parafii przejął ks. Artur Woltman. Był proboszczem do sierpnia 2012 roku.